Thời gian đầu triển khai, mô hình trường học mới VNEN cũng đã đạt được một số thành công và có phản hồi tích cực. Theo đánh giá của Ngân hàng Thế giới, mô hình trường học mới VNEN đã đem lại nhiều kết quả khả quan, giúp nâng cao chất lượng thầy - trò, nhà trường thông qua học tập tích cực và hợp tác.[7]

Tuy nhiên sau vài năm áp dụng, mô hình VNEN bắt đầu nảy sinh nhiều bất cập.[8] Từ năm học 2017-2018 việc áp dụng mô hình trường học mới có sự phân hóa rõ rệt, trong khi nhiều địa phương quyết định dừng áp dụng mô hình đào tạo này thì vẫn có nhiều địa phương áp dụng thành công và đánh giá cao mô hình này.[9] Trong hội nghị tổng kết năm học 2016-2017, triển khai nhiệm vụ năm học 2017-2018 bậc tiểu học, Bộ trưởng Bộ GD-ĐT Phùng Xuân Nhạ yêu cầu các Sở GD-ĐT phải rà soát lại, nếu trường nào chưa đủ điều kiện về giáo viên, cơ sở vật chất thì dừng triển khai Mô hình trường học mới Việt Nam (VNEN).[10]

Với những người phản đối, dự án mô hình VNEN đã được coi là thất bại từ nằm học 2018, nguyên nhân được cho là do sự thiếu chuẩn bị về cơ sở vật chất, trang thiết bị dạy học, tập huấn giáo viên...[11] Ngược lại, với những người ủng hộ mô hình này, việc triển khai vẫn được coi là rất thành công, được sự ủng hộ của cả giáo viên lẫn phụ huynh học sinh, nguyên nhân những địa phương ngừng áp dụng được cho là do ngại thay đổi, tư duy bảo thủ.[12]

Năm học 2018, Bộ giáo dục đào tạo buộc phải giải trình nguyên nhân bộ sách giáo khoa VNEN giá quá cao với Ủy ban Văn hóa Giáo dục, Thanh niên, Thiếu niên và Nhi đồng của Quốc hội sau khi có kết quả khảo sát một số nội dung trong việc thực hiện chính sách, pháp luật về xuất bản, in, phát hành sách giáo khoa giáo dục phổ thông giai đoạn 2012-2017 của Ủy ban.[13]

Cho đến nay, việc triển khai mô hình này không còn bắt buộc và vẫn được một số ít địa phương vẫn tiếp tục duy trì và áp dụng.